22日，丁汝昌经过调查之后，向李鸿章奏明详细的情形，说海战打响之后，致远’舰冲锋被鱼雷击沉，‘济远’管带方伯谦居然率舰撤出队伍，逃回战场，各船观望星散。倭船分队追赶‘济远’不及，折回将‘经远’拦截击沉，余船复回归队。‘超勇’舱内被敌炮击入火起，驶至浅处焚没。‘扬威’舱内火起，又为‘济远’拦腰碰坏，亦驶至浅处焚没。查战时‘定远’、‘镇远’舱内亦为敌弹炸烧，一面救火，一面抵敌，皆无失事。‘超’、‘扬’若不驶至浅处，火即可救。‘经远’同‘致远’一样奋勇摧敌，闻自该管带等中炮阵亡，船方离队，如仍紧随不散，火亦可救，‘广甲’管带吴敬荣随‘济远’逃至三山岛东搁礁，连日派船往拖，难以出险。现用驳船先取炮位，再不浮起，只得用药轰毁。窃自倭寇起衅以来，昌屡次传令，谆谆告诫，谓倭人船炮皆快，我军必须整队攻击，万不可离，免被敌人所算。此次……乃‘济远’首先退避，将队伍牵乱，‘广甲’随逃，若不严行参办，将来无以儆效尤而期振作。余船请暂免参……。方伯谦即先逃走，实属临阵退缩，应请旨将该副将即行正法，以肃军纪。

随后，9月24日午时方伯谦被以“首先退避”、“牵乱队伍”，“拦腰:中撞扬威”三条大罪正法于旅顺军前。一百多年来，关于方伯谦的死，史学界一直争论不休。有些人认为方伯谦确实是临阵脱逃，被杀也是罪有应得。有些人认为方伯谦没有临阵脱逃，他的死只不过是做了李鸿章和丁汝昌的替罪羊，方伯谦案完全是中国近代历史上的一大冤案。特别是近年来，两种观点各执一词，争论不休。

认为方伯谦死的冤的学者认为，丁汝昌从电请参办方伯谦到对方伯谦的正法，只间隔了三天的时间，这三天中并未对方伯谦进行审讯。如此急着处死方伯谦实际上就是要拿方来做替罪羊。甲午海战，北洋海军失利，朝廷如果怪罪下来，身为北洋海军执掌者的李鸿章和前线指挥官的丁汝昌都难逃其咎。为了逃避的战败的责任，他们只能拿方伯谦提前脱阵来做文章，由此编造出“首先退避”、“牵乱队伍”，“拦腰:中撞扬威”三条大罪，将战败责任全推在方伯谦头上，好为自己开脱。
这派学者还拿出了许多证据来证明自己的观点。他们认为丁汝昌给李鸿章的报告，是有意打乱了战场上实际的时间顺序，扬威舰是在1时10分左右中敌炮起火，向大鹿岛方向撤退，并在大鹿岛附近搁浅。济远舰退出战场是在3时30分左右。济远舰退出战场的时候，扬威舰已不在战场，又怎么可能把它拦腰撞坏呢？另外，济远舰和扬威舰一个在战阵的右翼外侧，一个在战阵的左翼，两舰相差很远，根本不可能相撞。同时，两舰撤出战场的方向也是正好相反一个相东南一个西，相背而驶，更没有相撞的可能。丁汝昌之所以要在奏报中打乱时间和位置的顺序就是为了把整个海战失败的原因推到方伯谦一人身上，故意要拿方伯谦做海战失败的替罪羊。

他们指出济远舰的退出不是什么首先退避，而是在力战受伤失去战斗能力情况下保存战舰的无奈之举。从济远舰返回后的情况来看，战舰确实受到了严重的损伤。在黄海海战的过程中，济远舰同广甲、经远、致远四舰共同结阵御敌。当战斗打到下午一两点钟的时候。广甲舰临阵畏缩首先逃离海战战场，致远舰被敌舰鱼雷击中沉没，经远舰遭敌舰重创丧失战斗能力。也就是说，这一翼的四艘战舰中，此时只剩下济远舰自己孤军奋战。它遭到4艘敌舰的围攻，伤亡严重，又得不到主队的救援，只好在危急的情景下冲出重围西撤。所以，这种情况下的撤离根本不能说是临阵脱逃。另外，据一些学者考证，济远舰在撤离船队之后，也没有放弃战斗，而是独自开辟了与日本的第一游击队在西战场苦战至海战结束，才且战且退的返回旅顺军港。至于为什么日本的海战记录中没有这一段战斗的记载，主要是因为，日舰为报丰岛之仇，以第一游击队四舰围攻济远舰，都未能击沉‘济远’，这事如果说出来将会使得第一游击队抬不起头来。因此，他们不敢在海战记录中明言。至于“济远”为什么比主力舰队早回旅顺基地几个小时。学者们认为，这也许是因为济远舰同船队航向、航程和航速的差异造成的，并非‘先逃’4小时所致”。此外，北洋海军战阵的混乱，也并非是方伯谦造成的。主要是因为丁汝昌、刘步蟾指挥不当，编队有误造成。甲午海战开战之后，丁汝昌把几艘航速比较快的大型铁甲舰置于阵头，而把几艘最弱的战舰置于阵脚。这样在舰队奋力追敌的过程中，由于各舰航速上的差异，舰队队形不打自乱。出于后面的济远、广甲、超勇、扬威等小型战舰因追赶不上被抛在阵尾。使得日舰有机会以快船绕过阵头大舰，转而围攻后翼弱舰。导致整个北洋舰队出于被动挨打的局面之中。此后，又经刘步蟾擅自改变舰队队形，致使船队更加混乱。所以，加给方伯谦的几项罪名都不成立，方伯谦是被冤杀的。

对于上面的观点，持反对意见的学者们也拿出了自己的证据。首先，方伯谦率舰退出战场逃回旅顺，这是不争的事实。依据《北洋海军章程》，“临阵逃亡者，斩立决”，所以无论有什么理由，方伯谦都违反了这条军纪，被杀也是罪有应得。

此外，学者指出方伯谦在黄海海战之前的牙山海战中就有临阵脱逃谎报战况的记录。1894年7月25日，方伯谦率领“济远”舰会同“广乙”舰，共同护送高升号运兵船前往朝鲜牙山。在丰岛海面，与日本联合舰队中第一游击队遭遇。日舰首先开炮，挑起了丰岛海战。经过一番激战，“广乙”负伤东退，“济远”则且战且退，日舰“浪速”、“吉野”紧追不放。“济远”舰曾升起白旗投降，无效。尔后又升起日本海军旗，还是无效。最后，经义愤水手自发发炮还击，击伤吉野号，济远舰方得逃回旅顺。逃回旅顺后，方伯谦反而谎称自己力战锉敌，后又挂白旗诱敌，“我船后台开四炮，皆中其要害，击伤倭船，并击死倭提督并官弁数十人，彼知难以抵御，故挂我国龙旗而奔”，以此遮盖自己临阵脱逃的事实。 关于方伯谦在丰岛海战中的表现，在《东方兵事纪略》这样记载:“‘济远’之奔，倭‘吉野’追甚急。‘吉野’为新式快船，每四刻能行二十三海里，势将及，管带方伯谦及树白旗，继而树日本旗，倭追如故，时有水手王姓者，甚怒而素甚弱，问何人助我运子？又有一水手挺身愿助，乃将十五生特尾炮连发四击……伯谦既度生还，归威海，遂称击毙倭海军总统以捷闻”。由此可见，方伯谦是有着临阵脱逃，谎报军情的前科的。此次在黄海海战中，据当时船上的一些水手们回忆。方伯谦在战斗打响之后，不但不敢在舰桥上指挥战斗，反而畏缩到铁甲仓内，致使军舰丧失战机，腹背受敌。

同时，对于那些替方伯谦翻案的学者们提出的论点。持反对意见的历史学者们也一一进行了反驳。总之，从目前的状况来看，方伯谦到底是不是被冤杀的，还不好下结论。这一问题的彻底解决，恐怕还要做进一步的考证。