1957年发掘的浙江吴兴邱城遗址，下层是以红陶为主的遗存。1959年，浙江省文物管理委员会等单位在嘉兴马家浜遗址发掘，发现有与邱城下层同类的遗物并有房基、墓葬等遗迹。同年，江苏省文物工作队发掘的吴江梅堰遗址中，也含有这一类遗存。60年代，有人把它归属于青莲岗文化。后来，有人进一步定为青莲岗文化江南类型的马家浜期。70年代起，有人把它与青莲岗文化相区分，提出了马家浜文化的命名，现已普遍得到承认。经发掘的主要遗址，除马家浜、邱城外还有浙江桐乡罗家角，江苏吴县草鞋山、常州圩墩等。
1959年初春，嘉兴南湖乡天带桥马家浜地方在沤肥挖坑中发现大量兽骨和古代遗物。1959年3月间，浙江省文物管理委员会与省博物馆、杭州大学历史系、杭州师范学院历史系等6个单位组成考古队进行了发掘。
马家浜遗址位于嘉兴西南7．5公里，面积约15000平方米，发掘区在遗址的中部，共布探方5个，计213平方米。表土层下文化层分上下两层；上层以灰黑色黏土为主，并有红烧土层和淤泥层，厚达12—80厘米，包含物有兽骨、石锛、礰石、骨镞和各种质地的陶片，还有建筑遗迹；下层为含有大量腐烂的兽骨碎片的黑色黏土，厚达15—75厘米，包含的兽骨比上一层更多，还有骨管、骨锥、骨针、骨镞以及石斧、礰石和陶片等。在上下层交接处的淤泥中发现了墓葬，出土30具人骨架，其中6具身旁有随葬品，生产工具置于腰部，装饰品置于头部，陶器位置不一。出土的器物有穿孔石斧1件、陶豆2件、罐4件、盆1件、纺轮1件、玉珠2件。还发现长方形房屋遗迹，南北7米，东西3米，门朝东，周边一圈柱洞，尚有残存的木柱，有的木柱洞底垫放木板。室内是经过加工的黄绿色土面，还有带树枝和芦苇痕迹的红烧土块堆积的墙壁残迹。在下文化层中还发现了碳化圆角菱，与现在的南湖菱相仿。[1]
从出土的器物和遗迹看，生产工具中磨制石器有孔石斧、弧背石锛；生活用具中的夹砂红陶素面腰沿釜、牛鼻式双耳罐、带嘴平底盉，以及地面木构建筑住房、公共墓地和俯身直肢葬式等等，都是马家浜文化时期的主要特征，是一种与黄河流域原始文化不同的文化形态。
马家浜遗址的发掘，引起了国内外考古界的重视。1959年5月，新华社发了消息，并记入《中华人民共和国要闻录》。此后，文物考古界对马家浜文化的归属，展开了学术讨论。1977年11月在南京召开的长江下游新石器时代学术讨论会上，夏鼐等考古学家认为长江流域和黄河流域同是中华民族文化起源的摇篮，并确认嘉兴马家浜遗址为代表的马家浜文化是长江下游、太湖流域新石器时代早期文化的代表，从此，马家浜文化正式定名。1981年12月在杭州召开的全国第三届考古学会年会上，到会专家学者听取了罗家角遗址发掘报告后，加深了对马家浜文化的认识。1984年11月在嘉兴召开的太湖流域古文化讨论会上，考古学家苏秉琦教授对马家浜文化的发生和发展，给予很高的评价。马家浜文化已载入《大不列颠百科全书》和1990年出版的《中国大百科全书?考古卷》，确定了它在史前文化考古中的地位。 马家浜文化类型在嘉兴市境内的重要遗址有嘉兴的马家浜、吴家浜、干家埭、钟家港；桐乡的罗家角、谭家湾、张家埭、新桥、吴家墙门；海宁的郭家石桥、坟桥港； 海盐的彭城，平湖的大坟塘，嘉善的小横港、大往遗址等。在太湖流域的苏、锡、常、沪、杭、湖地区中，有湖州邱城、杭州吴家埠、苏州越城、吴县草鞋山、吴江梅埝、袁家埭、上海青浦崧泽下层和常州圩墩、武进潘家塘的下层。
1979年11月至1980年1月，由省文物考古所与嘉兴地区文物管理委员会组织考古队，配合农田基本建设对罗家角遗址进行了发掘。发掘总面积为1338平方米，清理灰坑 53个。发现4个文化层，各文化层的包含物十分丰富，获得小件编号器物794件，有陶片5万多斤，兽骨2千多斤，还发现了带榫卯的建筑木构件和稻谷等植物遗存。出土 稻谷156粒，其中粳谷55粒，籼谷101粒。罗家角遗址的4个文化层都属马家浜文化，代表了马家浜文化的若干个不同发展阶段，丰富了马家浜文化的内涵，找到了马家浜文化的早期类型，是我国考古工作又一重大成绩。罗家角第4文化层出土的芦苇经碳14 测定，为距今7040±150年，第4文化层出土的陶片热释光测定为7170±l0％年，两种测定结果基本一致。马家浜文化的年代为公元前4000——5000年。
罗家角遗址的发掘，引起了中外学者的注意。1987年日本农耕史代表团专程到罗家角遗址考察马家浜文化，1989年日本东亚稻作文化起源考古代表团到罗家角遗址考察时说：“罗家角遗址发掘出土稻谷，证明这里是日本栽培水稻的发源地之一。”代表团成员日本广播大学教授、农学家渡部忠世说：“日本出版的有关马家浜文化的书刊都把罗家角写成罗家谷，这是因为它是水稻的发源地的缘故。”
主要文化特点有三：
盛行俯身葬。有些死者头骨用陶器覆盖，或是把头骨另放在陶器内，这是较为特殊的一种葬俗。
陶器主要是红陶，以外红里黑或表红胎黑的泥质陶为特色，多素面，外器耳的罐、圆锥足鼎等具有代表性。
根据圩墩遗址的地层堆积，结合罗家角、马家浜、草鞋山等遗址的地层关系和陶器演变的排比资料，目前可将马家浜文化分为三期。
早期：为马家浜下层和罗家角第四层。陶器以灰黑陶和灰红陶为主，绳纹较多见，器型以釜为主。
中期：为马家浜上层，罗家角第一、二、三层，圩墩下层和草鞋山第十层。陶器以夹砂（包括夹蚌）红褐陶为主，仍有一定数量的灰黑陶和灰红陶，以素面的为多，绳纹基本消失，器型仍以釜为主，出现少量的鼎和较多的豆，还有牛鼻形耳的罐。
晚期：为圩墩中层和草鞋山第八、九层。陶器以夹砂红陶和泥质红衣陶为主，主要器型是釜、鼎、豆。
社会经济：农业生产是马家浜文化居民定居生活的基础。在圩墩发现1件残木铲，仅存铲身，两面削成扁平状，刃部较薄，应是掘土工具。收获用的石刀数量较少，而且制作也较粗糙。作物主要是水稻，在罗家角、草鞋山和崧泽遗址下层都发现稻谷，经鉴定有籼稻和粳稻两种。罗家角第三、四层出土的粳稻，年代在前5000年左右，是目前中国发现的最早的粳稻遗存。同时，在罗家角遗址还发现有籼稻。从粳、籼稻粒的数量比例分析，当时籼稻的种植比粳稻要发达。同时，还饲养猪、狗、水牛等家畜。
渔猎经济也占有较重要的地位。发现的骨镞，以柳叶形的居多。在马家浜、崧泽、圩墩等遗址的下层，都有大量的兽骨堆积。如马家浜有的兽骨堆积厚达二三十厘米。圩墩的野生动物骨头经过鉴定，有梅花鹿、四不像、野猪、獐、貉、蟹獴和鸟类、草龟、鼋、鲫鱼等。其中，梅花鹿、四不像和野猪的数量较多。在一些遗址中还发现有野生的桃、杏梅的果核和菱角等，这些是人们从事采集活动的例证。
石器的磨制技术较高，器类以（石奔）为主，体型较厚，有孔石斧大都呈舌形，体也较厚。这种磨制精致的磷、斧，主要应是加工木器的工具。在圩墩遗址发现有铲、喇叭形器等木器。在喇叭形器的下端，还有暗红色或黑色并略带光泽的涂料。陶器有夹砂陶和泥质陶两种，均为手制。一般陶色不甚纯正。器表以素面的为多，纹饰有堆纹、弦纹、镂孔、圆窝纹、刻点纹、绳纹、篮纹等。主要器形有釜、，鼎、豆、罐、瓮、盆、钵、盉等。还出土有陶质炉、算、三足壶形器等为其他文化所未见的器物。大都火候不高，陶质较软，制陶技术还处于较低的阶段。在草鞋山遗址发现了前4000多年的5块残布片，经鉴定，原料可能是野生葛。系纬线起花的罗纹织物，密度是每平方厘米经线约10根，纬线罗纹部约26--28根，地部13－-t4根。花纹有山形斜纹和菱形斜纹，组织结构属绞纱罗纹，嵌入绕环斜纹，还有罗纹边组织。这是中国最早的纺织品实物。
居地和墓葬：在草鞋山遗址，发现由10个柱洞围成的近圆形的房基残迹，面积约6平方米。在马家浜遗址发现的是长方形房基，面积约20平方米，其东、西两侧各保存柱洞5个，南面一侧有柱洞3个。上述两地房屋的柱洞中，有的还残存木柱或在洞底垫有朽木板。这种木板与柱础的作用相似。圩墩遗址出土有榫卯结构的木柱。在邱城遗址发现的居住面用砂土、小砾石、陶片、贝壳和骨渣等混合筑成，还在居住区内挖小型沟道，附近有石筑的长条形公共烧火沟。 [2]
在马家浜、圩墩、草鞋山等地共发现墓葬200多座。多为单人俯身葬，也有仰身直肢葬、屈肢葬和侧身葬等，多数头向北。在草鞋山和圩墩墓地，还发现有几座同性合葬墓，同一墓内的死者年龄相近。在草鞋山有些死者头骨用釜、钵、盆、豆等陶器覆盖，有的把头骨另放在陶器内。随葬器物一般都很少，主要是日用陶器。草鞋山的106座墓中，有25座无随葬品，其他的有1--4件，最多的为1座成年女性墓，有9件。随葬品大都是1件食器，或食器和炊器各1件。食器以豆为多，其次为钵，也有罐、盆、杯等，炊器以釜为多，或用鼎代釜。用生产工具随葬的只有2座墓，各放1件石斧。有的墓还随葬玉块、玉环、玉镯等装饰品以及鹿角、兽牙、蚌壳等。一般认为，马家浜文化处在母系氏族社会时期。上述同性合葬墓的出现，大体是这个阶段在葬俗上的一种反映(见中国古代墓葬制度)。
与其他文化的关系：有人认为，马家浜文化由河姆渡文化发展而来。持此意见者把河姆渡遗址第三、四层定为河姆渡文化，将其第二层归属马家浜文化，并认为由地层叠压和器物演变上，这两种文化是先后承袭发展的。另一种意见认为，河姆渡遗址第一至第四层均属河姆渡文化，马家浜文化则另有来源，需再作探索。持此意见者指出，马家浜文化的中、晚期，与河姆渡遗址第二层的年代大体相当，而分属于两个考古学文化，存在相互影响交流的关系。例如，河姆渡遗址第二层的泥质外红里黑陶、牛鼻形耳的罐等，与马家浜文化的有相似之处，是河姆渡文化晚期受马家浜文化影响的结果；同时，在河姆渡遗址还发现1件作为马家浜文化代表性陶器的残宽檐釜，明显是在马家浜文化影响下产生的。
马家浜文化的圩墩遗址与南京北阴阳营遗址(见北阴阳营文化)相比较，器物的差别是主要的，但也有部分近似的器物，例如扁平穿孔石锄、有孔石斧、扁足釜形鼎、敛口矮圈足豆、单耳罐和带流圈足罐等，这说明了两者之间有着密切的关系。另外，曾在江苏北部淮安青莲岗遗址发现有个别的宽檐釜，当是在马家浜文化影响下的产物。
至于马家浜文化的去向，在草鞋山遗址第七层发现6座墓葬，头向、葬式与叠压在其下的第八、九层马家浜文化墓葬相似，而陶器的陶质和大部分器形，又具有崧泽文化的特点，因此，有的意见把这层作为马家浜文化向崧泽文化过渡的例证。通过普遍发现崧泽文化、马家浜文化的上下层叠压关系，以及从整体上分析这两种文化遗存的内涵，可以确定从马家浜文化演变发展成为崧泽文化
