疑团之一，徐福东渡是否到达日本？关于徐福的目的地的问题，学术界大多数学者认为，徐福东渡确实到了日本，甚至有人提出，徐福到日本后建立了日本王朝，徐福就是神武天皇；也有学者对此一说法提出质疑。认为到了海南岛或者是朝鲜，还有人提出到了美洲。

　　据《史记·淮南衡山列传》中的记载："徐福得平原广泽，止王不来。" 可以推测徐福登陆地是一平原。日本是一个由三千多个小岛组成的岛国。本州、九州、四国与北海道是其中四个大岛，总面积达到37.67万平方公里。全国有24%的面积为平原。较大的平原有关东平原、浓尾平原、畿内平原等。除日本列岛外，其他岛屿没有"平原广泽"的地理特征。

　　另外，徐福东渡日本，在后世的史书资料中也有记载。在《三国志·吴书·吴主传》中也有记载："长老传言秦始皇遣方士徐福将童男女数千人入海，求蓬莱神山及仙药，止此洲不还。"《后汉书》中，把徐福入海求仙事件附在倭国之后。五代时期义楚和尚所写《义楚六贴》中提到："日本亦名倭国，在东海中，秦时，徐福将五百童男，五百童女止此国。" 在日本学术界，也有不少史料记述徐福到日本的情况，有《神皇正统记》、《林罗山文集》、《异称日本传》、《同文通考》等文献。林下见林在《异称日本传》中说："夷洲、澶州皆日本。相传纪伊国熊野之山下有徐福墓。熊野新宫东南有蓬莱山，山前有徐福祠。"新井君美在《同文通考》中说，"今熊野附近有地曰秦住，土人相传为徐福居住之旧地。由此七八里有徐福祠。其间古坟参差，相传为其家臣之冢。如斯旧迹今犹相传，且又有秦姓诸氏，则秦人之来往乃必然之事"。和歌山新宫町《秦徐福碑文》这样描述："今东海可当蓬莱者，无可舍皇国他求，则谓日本国，得其实也必矣。"

　　在日本民间，徐福被尊称为农神、蚕桑神、医药神。还一些日本人认为自己是徐福的后裔，他们的根据是：在日语中，秦与羽田的发音相同。日本前首相羽田孜就称自己是徐福的后裔。他说："我是秦人的后裔，我的姓在很早以前写作'秦'，我当首相时，考古学家和历史学家对我的家族进行了调查，并在祖墓碑上发现了'秦'字。"

　　然而，有些学者认为，徐福东渡日本只是传说。日本古文献中载有徐福传说者以《神皇正统记》(1339年)为最早，其他大约是十七八世纪的记载，因此他们推断是受了宋元以来中国文献的影响。在隋唐时期，日本与中国交往极为频繁，但在文献之中却罕见"徐福"二字。又有学者认为，徐福东渡是历史事实，但不是去了日本，而是美洲，因为徐福东渡的时间与美洲玛雅文明的兴起相吻合。台湾前上海暨南大学教授、南京古物保存所所长卫聚贤在《中国人发现美洲》考证，美洲特产四十多种动植物矿产为先秦人民所知。如《春秋》记载"六□退飞过宋都"，"□"即美洲特有的"蜂鸟"。是殷朝被灭国后，部分殷人逃到北美后，回国观光带回六只蜂鸟，齐桓公为纪念此次远征，特在旗上绘制"蜂鸟图"。聚贤认为哥伦布在发现美洲之前，已有多位中国人到过美洲，故徐福后来东渡美洲很有可能。吴人《外国图》指出"亶洲去琅琊万里"，根据距离分析根本不是日本，而是美洲。最早记述倭国的《后汉书》是把亶洲与日本区别开来的。"亶"字有大岛的涵义，美洲大陆像"亶"字。故以字形命名。现在檀香山还遗有带有中国篆书刻字的方形岩石，旧金山附近也有刻存中国篆文的古箭等文物出土，所有这些都是徐福东渡美洲的明证。

　　疑团之二，徐福东渡为何东渡？关于徐福东渡的原因，据《史记》所言，秦始皇不惜以巨资支持徐福东渡，是为了寻神山仙药，求长生不死药。《十洲记》也这样记载："秦始皇时，大宛中多枉死者横道，数有鸟衔草，覆死人面皆登时活，有司奏闻始皇。始皇使使者赍此草，以问鬼谷先生，云是东海中祖洲上不死之草，生琼田中，一名养神芝。其叶似菰，生不丛，一株可活千人。始皇于是谓可索得，因遣徐福及童男童女各三千人，乘楼船入海，寻祖洲不返。"