崇祯皇帝登基之后，为了解除后金对明的边境压力，任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟、辽，兼督登、莱、天津军务。崇祯二年（公元1629年），皇太极亲率大军避开袁崇焕的防区，直逼北京城下。袁崇焕得知消息后率部星夜驰援京师，迫使后金军退回关外。金军撤退后，刚愎自用的崇祯皇帝中了皇太极的反间计，反而将袁崇焕逮捕下狱。崇祯三年（公元1630年），袁崇焕被处死于西市。

　　《明史•袁崇焕传》说：“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。”王先谦《东华录•天聪三年》说得更为确切：明朝有两个太监被后金军俘虏去以后，被关在金营里。有天晚上，一个姓杨的太监半夜醒来，听见两个看守他们的金兵在外面轻声地谈话。一个金兵说：“今天咱们临阵退兵，完全是皇上(指皇太极)的意思，你可知道?”另一个说：“你是怎么知道的?”一个又说：“刚才我就看到皇上一个人骑着马朝着明营走，明营里也有两个人骑马过来，跟皇上谈了好半天话才回去。听说那两人就是袁将军派来的，他已经跟皇上有密约，眼看大事就要成功啦……”姓杨的太监偷听了这番对话，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出来。他跑回皇宫，向崇祯帝报告，崇祯先是逮捕了袁崇焕，八个月之后以谋反罪处死了袁崇焕。皇太极的反间计漏洞百出，这八个月里如果崇祯皇帝仔细地查证，事情一定会大白于天下，但是袁崇焕还是被处死。这除了皇太极反间计得逞之外，还有更深的原因。

　　首先是袁崇焕失去了崇祯皇帝的信任。崇祯皇帝与历史上的亡国之君比较起来，可以说并不是那么昏庸，甚至“即位之初，沈机独断，刈除奸逆，天下想望治平”。无论是朝野大臣还是平民百姓，都对他寄予了很大的期望。但是，崇祯皇帝却是一个多疑刻薄、刚愎自用的皇帝。崇祯皇帝即位的时候，大明王朝内部被魏忠贤阉党集团搞得一团混乱，派别林立，同时后金的军事力量不断骚扰明朝边境，甚至能长驱直下威胁北京。立志有所作为的崇祯帝不禁“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事”。对那些他抱有很大期望的大臣，他先是授以大权，而如果他对这些大臣失望，便切齿愤恨，必杀之而后快。因此崇祯皇帝在位17年，所杀的大臣不计其数，其中总督有7人，巡抚有11人。内阁重臣更频繁替换，先后用了近五十人。

　　崇祯皇帝起初对袁崇焕是非常信任的。4月他即位后，7月他就召见袁崇焕，咨询平定辽东的方略：“你不远万里应召来京，忠心耿耿，义勇可佳。希望你把平定辽东的方略，详详细细地禀奏上来。”袁崇焕回答道：“平定辽东的方略已经全部写进了奏章。臣受到陛下的宠爱，感激涕零，我请求能够得到皇上恩准，我受命在外的时候，可以根据辽东情况斟酌处理平辽大事。如果能够得到皇帝的恩准，臣冒昧地认为，我用五年时间就能够全部恢复辽东疆域。”崇祯皇帝非常满意袁崇焕的答复，对袁崇焕许诺说：“如果你能够恢复辽东故土，我不会吝惜封侯的奖赏，你对朕尽心尽力，你的子孙也会因此受到奖赏！”袁崇焕出关时领有480万辽饷，其中米180万石，另发内帑120万、铠甲40万具，红夷大炮10门，其他弓箭军械无数。到任后，他立即加强防守，准备收复失地，安抚流亡平民。同时裁汰军队，试图练出一支精兵，并将蓟州精锐部队充实到辽东防线。

　　实际上，此时的辽东边境上后金在军事力量上已经占据了优势，袁崇焕的许诺仅仅是为了安慰年轻的皇帝，但是崇祯皇帝却信以为真。崇祯二年（公元1629年）春，蒙古部族发生大饥荒，请求开放边境贸易，于是袁崇焕上奏要求开放市场，试图通过税收来资助军队，从而减轻朝廷的军饷负担，但崇祯皇帝发布诏书斥责说：“你与蒙古贸易，这不是明摆着拿物资资助贼寇吗？这怎么能容许？”袁崇焕对此不以为然：“关外市场贸易，只允许用米布交换柴草，违禁物品，依法严禁，而且他们保证不与贼寇（后金）相通。他们都说：‘家中空空如也，如果再不进行边境贸易，用什么来养家糊口呢？’他们愿意用妻子作为人质，断不敢诱导贼寇侵犯蓟辽。”但在后来的后金军队对北京城的围困中，为后金进攻北京带路的，恰恰就是这支袁崇焕在奏章中认同“断不敢诱奴入犯蓟辽”的蒙古部族。因此，虽然袁崇焕力解北京之围，崇祯皇帝也对袁崇焕进行了奖赏，但之前发生的毛文龙事件，加上这次后金军队的骚扰，使得崇祯皇帝内心深处对袁崇焕已有所不满。

　　毛文龙是明朝边境的地方军阀，他率部在皮岛（今椴岛）至长山列岛之间流动抗击后金，同时联络山东登州一线明军协同作战，遥相呼应，构成犄角之势，一度遏制了后金军的西进和南下。尽管如此，毛文龙的部队独处海岛，朝廷很难节制，毛文龙的部下官员也有贪污、冒认军饷的行径。由于毛文龙不听调遣，崇祯二年（公元1629年）六月，袁崇焕以谈饷阅兵为名，将毛文龙诱骗至旅顺双岛的一处古庙中，将其拘捕，历数其“冒饷饰功”、“不受节制”等12条罪状，当众以尚方剑将其斩杀。毛文龙被杀后，后金军队所受牵制大大减少，崇祯皇帝听到毛文龙被杀的消息“意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。但他对袁崇焕“优旨褒答”，仅仅是在毛文龙被杀的既成事实无法改变的情况下的无奈之举。

崇祯皇帝处死袁崇焕还有一个原因，那就是袁崇焕与后金的和议。努尔哈赤死后，袁崇焕未经朝廷允许，私自派使者吊唁。后金皇太极趁机遣使回复，谋求议和。当时，尽管明朝军队屡战屡败，但基于天朝尊严，“诸将罔敢议战守”。虽然袁崇焕的和议战略上完全正确，而且崇祯皇帝起初也同意，但这种与皇太极关于和议的私下书信往来，让崇祯皇帝产生了怀疑。

　　崇祯二年（公元1629年）袁崇焕被逮捕入狱，囚禁审讯半年后，崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯帝以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将袁崇焕处死于西市。不明真相的京城百姓对袁崇焕恨之入骨，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”。